Theo Viện khoa học xã hội vùng Nam Bộ, hiện nay nguồn nước mặt tại nhiều tỉnh, thành ở đồng bằng sông Cửu Long ngày càng ô nhiễm nghiêm trọng do sự phát triển nhanh của các dự án công nghiệp và đô thị hóa. Kết quả quan trắc cho thấy nồng độ vi khuẩn E.coli tại các sông ngòi, kênh rạch ở đồng bằng sông Cửu Long đã vượt quá mức cho phép từ 2 – 5 lần; nồng độ BOD (nhu cầu oxy sinh hoá) và COD3 (nhu cầu oxy hoá học) vượt giới hạn cho phép từ 1 – 3 lần; nồng độ ammoniac và một số độc chất phát sinh từ hoạt động công nghiệp và nông nghiệp vượt từ 5 – 10 lần tiêu chuẩn cho phép.

Giáo sư, tiến sỹ Bùi Thế Cường, Viện Khoa học Xã hội vùng Nam Bộ, cho rằng: Hiện nay mọi hoạt động quản lý đất và nước đều tác động mạnh đến những nhóm người, những vùng đất, đến cách sử dụng và chất lượng của nguồn đất và nước. Ngược lại, các nhóm dân cư lại có những lợi ích của họ và nhu cầu khác nhau có thể giúp cải thiện sinh kế của họ trong khu vực tài nguyên này. Chính vì vậy, việc nghiên cứu tác động kinh tế - xã hội trong quản lý tài nguyên nước luôn luôn phải đặt trong sự đa dạng của sinh kế của người dân, về việc tài nguyên nước bị định hình bởi những thay đổi về khí hậu, nhân khẩu và chính trị, xã hội. 

Theo các chuyên gia của Đức, sinh kế của người dân nông thôn tại đồng bằng sông Cửu Long hiện có mối tương quan gắn chặt với các tài nguyên đất và nước, vì nông nghiệp vẫn là nguồn thu nhập chính của người dân địa phương. Tuy nhiên, các khu công nghiệp ở khu vực này chưa nhiều nhưng đã bước đầu tác động đến nguồn nước trên nhiều khía cạnh, thậm chí nhiều cơ sở có vị trí dọc theo những nơi có nguồn nước đã xả chất thải và nước ô nhiễm ra kênh rạch, hoặc tận dụng kênh rạch như là phương tiện giao thông đường thủy và sử dụng cả trong sản xuất nước đá khối, nước đóng chai… 

Tại buổi tọa đàm, các nhà khoa học Việt Nam và Đức cũng chỉ ra các thách thức trong quản lý nguồn nướckhu vực đồng bằng sông Cửu Long hiện nay như nước dùng cho tưới tiêu và nuôi trồng thủy hải sản dự báo sẽ giảm xuống, điển hình như tại Cần Thơ, ước tính mỗi năm mực nước ngầm giảm khoảng 0,5m, thậm chí có nơi lên tới 0,7m; nguy cơ nhà máy thủy điện phát triển ồ ạt kèm theo các hệ quả môi trường, xã hội, biến đổi khí hậu; biến đổi sự hình thành nguồn nước ngầm; hoạt động đối phó với lũ lụt, nước biển dâng.