Theo Tổng công ty Cấp nước Sài Gòn (Sawaco), hiện, nguồn nước thô được dùng để khai thác cung cấp nước sạch chủ yếu là nguồn nước mặt lấy ở lưu vực hai sông Sài Gòn và Ðồng Nai (chiếm 94%), chỉ một phần nhỏ (6%) khai thác từ nguồn nước ngầm. Mặc dù các cơ quan quản lý nhà nước đã tăng cường nhiều giải pháp quản lý, bảo vệ nguồn nước nhưng chất lượng nước mặt sông Ðồng Nai, nhất là sông Sài Gòn, có xu hướng ngày càng xấu hơn. Các chỉ tiêu như a-mô-ni-ắc, hữu cơ, vi sinh, mangan… trong nước sông Sài Gòn ngày càng tăng. Do đó, việc quản lý và bảo vệ nguồn nước cần được xem xét một cách tổng thể, quyết liệt trên phạm vi nhiều tỉnh, thành phố của cả lưu vực.

Ngoài ra, nguồn nước sông còn chịu tác động rất lớn bởi đặc tính thời tiết, thủy văn và ảnh hưởng bởi biến đổi khí hậu như suy giảm lưu lượng vào mùa mưa, nhất là theo chu kỳ tác động của hiện tượng El Nino (khoảng 5 năm) và hiện tượng triều cường, nước biển dâng dẫn đến nguy cơ xâm nhập mặn và thiếu nước vào mùa khô.

Phó Giáo sư, Tiến sĩ (PGS, TS) Võ Lê Phú, Trưởng Khoa Môi trường và Tài nguyên, Ðại học Bách khoa TP Hồ Chí Minh, nhận định, chất lượng nước sông Sài Gòn, nguồn cấp nước chính cho TP Hồ Chí Minh đang suy giảm do hoạt động đô thị ngày càng tăng. Theo đó, hằng ngày có khoảng 700 đến 900 nghìn m3 nước thải sinh hoạt thải ra môi trường thành phố. Ghi nhận tại khu vực nước "đầu vào" của Nhà máy nước Tân Hiệp lấy từ nước sông Sài Gòn (huyện Củ Chi), nồng độ một vài chất ô nhiễm thông thường đang vượt quá tiêu chuẩn sử dụng dành cho nước cấp cho sinh hoạt (QCVN 08: 2015/BTNMT) như sắt là 1.11mg/l (tiêu chuẩn 0.5 mg/l); mangan là 0.18mg/l (tiêu chuẩn 0.1mg/l); hàm lượng chất rắn lửng lơ (SS) là 40 mg/l (tiêu chuẩn là 20 mg/l). Một nghiên cứu thực hiện trong năm 2015 cho thấy nước sông Sài Gòn còn bị ô nhiễm bởi hơn 100 chất ô nhiễm vi lượng từ dược phẩm, các sản phẩm chăm sóc cá nhân và chất hóa dẻo.

Trên cơ sở phân tích, dự báo, PGS,TS Võ Lê Phú khuyến cáo: "Ðể cung cấp nước an toàn cho người dân, chính quyền thành phố cần quan tâm đến toàn bộ vòng đời của nước, từ nguồn nước cấp, nhà máy xử lý nước, hệ thống phân phối và hệ thống xử lý nước thải. Bên cạnh đó, thành phố cần đưa ra các quy định chặt chẽ hơn nữa để ngăn chặn sự suy giảm chất lượng nguồn nước sông như kiểm soát nguồn nước thải từ hoạt động công nghiệp, có quy định tất cả nhà máy xử lý nước thải cần phải được trang bị cả thiết bị xử lý dinh dưỡng, xử lý bậc cao để có thể loại bỏ được những chất ô nhiễm vi lượng độc hại khó được phân hủy sinh học…".

Phó Tổng Giám đốc Sawaco Bùi Thanh Giang cho biết, tính đến tháng 9-2019, tổng công suất cấp nước tại TP Hồ Chí Minh đạt 2,4 triệu m3/ngày, trong đó lượng nước tiêu thụ thực tế là 1,8 triệu m3/ngày. Nguồn nước sạch được kiểm soát chất lượng chặt chẽ theo quy định của Bộ Y tế. Trong đó, có sự kiểm soát liên tục, toàn diện từ quy trình xử lý, đầu ra tại nhà máy và nước sạch trên mạng lưới cấp nước của Tổng công ty bằng hệ thống giám sát online cũng như lấy mẫu định kỳ bởi phòng thí nghiệm đạt chuẩn ISO 17025. Cùng với quy trình xử lý thủ công trước đây, hiện Sawaco đã triển khai chương trình cấp nước an toàn theo hướng dẫn từ hiệp hội cấp nước của Ô-xtrây-li-a áp dụng tại các nhà máy cấp nước. Theo đó, qua từng công đoạn xử lý sẽ thiết lập các giá trị tới hạn cho những chỉ tiêu chất lượng nước chính, ảnh hưởng đến toàn quá trình xử lý (như độ đục, hàm lượng chlorine dư, độ mầu,…). Ðối với nguồn nước sông Sài Gòn, Sawaco lắp đặt thêm hệ thống giám sát T.O.C (tổng hợp chất hữu cơ), a-mô-ni-ắc liên tục (online) để theo dõi diễn biến chất lượng nước thô…

Nhằm ứng phó các biến động, Sawaco cũng đã phối hợp các viện, trường đại học, đơn vị cấp nước quốc tế để nghiên cứu công nghệ xử lý nước tương ứng với điều kiện chất lượng nước nguồn bị ô nhiễm xấu hơn trong tương lai. Ðối với nguồn nước sông Sài Gòn ngày càng ô nhiễm và nhiễm mặn vào mùa khô, sẽ nghiên cứu phương án khai thác nguồn nước từ hồ Dầu Tiếng, hoặc di dời điểm lấy nước thô của Nhà máy nước Tân Hiệp (huyện Hóc Môn) lên phía thượng nguồn và bổ sung bể dự trữ nước thô.