Qua quan trắc nguồn nước ngầm tại 17 công trình trên địa bàn huyện Nhơn Trạch, Định Quán và thị xã Long Khánh, nguồn nước ở đây đang bị tác động mạnh, dẫn đến nhiều thông số về chất lượng nguồn nước vượt tiêu chuẩn nhiều lần. Cụ thể tại huyện Nhơn Trạch, qua quan trắc 5 công trình thì cả 5 đều có các chỉ tiêu như amoni vượt tiêu chuẩn hơn 6 lần cho phép; chỉ tiêu lượng oxy hoà tan (COD) chỉ đạt 14mg/l, trong khi tiêu chuẩn cho phép phải đạt 150mg/l; hàm lượng clo, sắt tổng vượt nhiều lần so với quy chuẩn cho phép.

Tại 7 công trình nước ngầm trên địa bàn thị xã Long Khánh cũng có các thông số như amoni, coliform, chì và E.coli vượt quy chuẩn cho phép; tại 5 công trình trên địa bàn huyện Định Quán cũng có 5 thông số về amoni, COD, coliform, E.coli và hàm lượng mangan vượt quy chuẩn cho phép.

S ở dĩ nguồn nước ngầm tại nhiều khu vực đang bị ô nhiễm là do có sự tác động mạnh mẽ của con người, quá trình đô thị hoá, phát triển công nghiệp và việc sử dụng các loại hoá chất, thuốc trừ sâu không được kiểm soát chặt chẽ. Ngoài ra, tại một số khu vực như công trình nước ngầm tại xã Đại Phước huyện Nhơn Trạch một số thông số trong nước vượt quá tiêu chuẩn là do ảnh hưởng trực tiếp từ chế độ thuỷ triều của sông Thị Vải.

Theo khuyến cáo của Trung tâm Quan trắc và Kỹ thuật môi trường Đồng Nai, tại một số khu vực, công trình nước ngầm bị ảnh hưởng do những thông số về môi trường nước vượt quy chuẩn cho phép, cần phải có biện pháp xử lý trước khi sử dụng, tránh gây hại cho sức khoẻ người dân.