Theo Nghị định, vùng hạn chế khai thác nước dưới đất (vùng hạn chế) được phân loại bao gồm các vùng: Vùng hạn chế 1; Vùng hạn chế 2; Vùng hạn chế 3; Vùng hạn chế 4; Vùng hạn chế hỗn hợp.

Việc khoanh định Vùng hạn chế 1 được thực hiện đối với các khu vực: 1- Khu vực đã từng xảy ra sự cố sụt, lún đất, biến dạng địa hình; 2- Khu vực có biên mặn, có hàm lượng tổng chất rắn hòa tan (TDS) từ 1.500 mg/l trở lên; 3- Khu vực có bãi chôn lấp chất thải rắn tập trung theo quy định của pháp luật về quy hoạch, xây dựng và bảo vệ môi trường; 4- Khu vực có giếng khai thác nước dưới đất bị ô nhiễm, gây ảnh hưởng xấu đến sức khỏe con người và sinh vật mà chưa có giải pháp công nghệ để xử lý bảo đảm đạt quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về chất lượng nước ăn uống, sinh hoạt; 5- Khu vực có nghĩa trang tập trung hoặc các khu vực có nguy cơ gây ô nhiễm nguồn nước dưới đất khác do Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương quyết định.

Biện pháp hạn chế khai thác đối với 5 khu vực trên là dừng toàn bộ mọi hoạt động khai thác nước dưới đất hiện có (nếu có) và thực hiện xử lý, trám lấp giếng theo quy định.

Việc khoanh định Vùng hạn chế 2 được thực hiện đối với các khu vực, tầng chứa nước sau: 1- Các tầng chứa nước lỗ hổng ở thành phố Hà Nội, thành phố Hồ Chí Minh và các địa phương thuộc khu vực đồng bằng sông Hồng, đồng bằng sông Cửu Long; 2- Đối với các tầng chứa nước lỗ hổng ở các địa phương không quy định tại 1 thì Ủy ban nhân dân cấp tỉnh căn cứ quy mô, mức độ khai thác nước dưới đất, mức độ hạ thấp mực nước dưới đất và yêu cầu về bảo vệ nguồn nước dưới đất trên địa bàn quyết định việc khoanh định; 3- Các tầng chứa nước trong đá bazan ở các địa phương thuộc khu vực Tây Nguyên.

Căn cứ hiện trạng sơ đồ hệ thống cấp nước tập trung hiện có, bao gồm cả các điểm đấu nối, nếu các khu dân cư, khu công nghiệp tập trung thuộc một trong các trường hợp sau đây thì được khoanh định vào Vùng hạn chế 3: Đã được đấu nối với hệ thống cấp nước tập trung, bảo đảm nhu cầu sử dụng nước cả về thời gian, lưu lượng và chất lượng nước phù hợp với mục đích sử dụng nước; chưa được đấu nối nhưng có điểm đấu nối liền kề của hệ thống cấp nước tập trung và sẵn sàng để cung cấp nước sạch, bảo đảm nhu cầu sử dụng nước cả về thời gian, lưu lượng và chất lượng nước phù hợp với mục đích sử dụng nước.

Các biện pháp hạn chế khai thác trong Vùng hạn chế 2, 3 là không cấp phép thăm dò, khai thác để xây dựng thêm công trình khai thác nước dưới đất mới.

Trên cơ sở kết quả khoanh định vùng hạn chế quy định tại khoản 2 Điều 8 của Nghị định này, trường hợp khu dân cư, khu công nghiệp tập trung không thuộc Vùng hạn chế 3 mà cách sông, suối, kênh, rạch, hồ chứa (nguồn nước mặt) không vượt quá 1.000 m và nguồn nước mặt đó đáp ứng đủ các điều kiện sau đây, thì được khoanh định vào Vùng hạn chế 4: Có chức năng cấp nước sinh hoạt hoặc được quy hoạch để cấp nước sinh hoạt; có chế độ dòng chảy ổn định, dòng chảy tối thiểu từ 10 m3/s trở lên đối với sông, suối, kênh, rạch hoặc tổng dung tích từ 10 triệu m3 trở lên đối với hồ chứa; có chất lượng nước đảm bảo quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về chất lượng nước mặt cột A1 trở lên.

Để hạn chế khai thác trong Vùng hạn chế 4, Nhà nước không cấp phép thăm dò, khai thác để xây dựng thêm công trình khai thác nước dưới đất mới có quy mô khai thác từ 10.000 m3/ngày trở lên, trừ trường hợp công trình khai thác để cấp nước cho các mục đích sử dụng theo quy định tại điểm c khoản 3 Điều 3 của Nghị định này.

Trên cơ sở tổng hợp kết quả khoanh định các vùng, khu vực hạn chế theo quy định tại Vùng hạn chế 1, 2, 3, 4, trường hợp có các khu vực hạn chế bị chồng lấn nhau, thì phần diện tích chồng lấn được khoanh định vào Vùng hạn chế hỗn hợp.

Việc áp dụng các biện pháp hạn chế đối với Vùng hạn chế hỗn hợp được quyết định trên cơ sở các biện pháp hạn chế khai thác tương ứng với từng vùng quy định tại Vùng hạn chế 1, 2, 3, 4 theo thứ tự quy định.