Hiện nay, việc quản lý, bảo vệ, kiểm soát khai thác tài nguyên nước ngầm trên địa bàn tỉnh Kiên Giang còn nhiều bất cập, nguy cơ nguồn nước bị ô nhiễm và cạn kiệt trong thời gian tới rất khó khắc phục. 

Theo Sở Tài nguyên - Môi trường Kiên Giang, tổng trữ lượng khai thác tiềm năng nước dưới đất của tỉnh hơn 1,6 triệu m ³ /ngày và toàn tỉnh hiện có khoảng 100.000 giếng khoan vùng nông thôn, với lưu lượng khai thác hơn 300.000 m ³ /ngày. Tình trạng khai thác nguồn nước ngầm quá mức của các tổ chức, hộ gia đình và cá nhân phục vụ sinh hoạt, sản xuất chưa được quản lý, kiểm soát chặt chẽ. Giếng khoan khai thác nước ngầm với lưu lượng lớn không được cấp phép, không theo quy hoạch xuất hiện ngày càng nhiều. Giếng khoan lưu lượng vừa và nhỏ thi công không đúng kỹ thuật phát triển nhanh ảnh hưởng đến nguồn nước dưới đất. Ngoài ra, còn nhiều những giếng khoan bị hư hỏng, xuống cấp không còn sử dụng chưa được trám, lấp hoặc trám, lấp không đúng kỹ thuật đang gây suy thoái nguồn nước ngầm. Điều bất cập là ngành chức năng tỉnh Kiên Giang chưa thống kê chính xác số lượng giếng khoan bị hư hỏng để có kế hoạch xử lý, trám lấp bảo vệ nguồn nước ngầm. Hiện nay, trên địa bàn tỉnh có 2 trạm quan trắc tài nguyên nước dưới đất quốc gia do Trung ương đầu tư từ năm 1995, tuy nhiên do địa bàn tỉnh rộng, diễn biến nước dưới đất phức tạp, trong khi các dữ liệu quan trắc động thái nước ngầm còn mỏng nên chưa đánh giá hết diễn biến động thái nước dưới đất để có kế hoạch khai thác hợp lý, hiệu quả và bền vững.