Đề án đề ra mục tiêu cụ thể đến năm 2030 là giảm sự phụ thuộc, tối ưu hóa lợi ích do nguồn nước mang lại từ các nguồn nước liên quốc gia; chủ động điều tiết nước, phòng ngừa, ứng phó với các sự cố ô nhiễm, suy thoái, cạn kiệt nguồn nước, hạn hán, thiếu nước, xâm nhập mặn. Khắc phục có hiệu quả, bền vững tình trạng hạn hán, thiếu nước vào mùa khô các vùng Nam Trung Bộ, Tây Nguyên, Đồng bằng sông Cửu Long, vùng sâu, vùng xa và các hải đảo.

Nâng cao khả năng tiếp cận nguồn nước sạch, an toàn cho người dân và các ngành sử dụng nước; kiểm soát cơ bản 90% các hoạt động khai thác, sử dụng nước, bảo đảm sử dụng tiết kiệm, hiệu quả, bền vững, an toàn, công bằng, hợp lý, gắn với bảo vệ và phát triển tài nguyên nước, môi trường và thích ứng với biến đổi khí hậu.

Kiểm soát trên 90% các nguồn thải vào nguồn nước có vai trò quan trọng trong cấp nước được xử lý đạt tiêu chuẩn môi trường; cải thiện, phục hồi các nguồn nước bị ô nhiễm, suy thoái nghiêm trọng; bảo tồn và phát triển bền vững các hệ sinh thái ngập nước quan trọng. Đối với cấp nước sinh hoạt, cải thiện việc cung cấp dịch vụ cấp nước đô thị, nông thôn, nâng tỷ lệ sử dụng nước sạch, hợp vệ sinh của dân cư đô thị đạt 95 - 100%, nông thôn đạt 93 - 95%.

Đảm bảo tối thiểu 30% diện tích trồng lúa thực hiện phương thức canh tác tiên tiến và diện tích cây trồng cạn được tưới tiên tiến, tiết kiệm nước. Cấp đủ nước cho hoạt động sản xuất công nghiệp và nâng cao hiệu quả sử dụng nước trong công nghiệp; đảm bảo trên 50% cơ sở sản xuất công nghiệp có giải pháp tái sử dụng nước, giảm thiểu tối đa thất thoát, lãng phí nước.

Đảm bảo an ninh năng lượng trên cơ sở điều hòa phân bổ hợp lý nguồn nước khai thác cho thủy điện, nhiệt điện; đẩy mạnh sử dụng nước tiết kiệm, nâng cao khả năng tích trữ, an toàn hạ du; từng bước nâng cao tỷ trọng nguồn điện sản xuất từ nguồn năng lượng tái tạo nhằm giảm sự phụ thuộc vào diễn biến nguồn nước; 90% hồ chứa thủy điện được bổ sung nhiệm vụ tham gia phòng lũ, cấp nước cho hạ du và điều tiết vận hành theo thời gian thực.

Đối với nước phục vụ cho mục đích giao thông thủy và hoạt động liên quan đến nước, nâng cao hiệu quả vận tải đường thủy nội địa, phát huy năng lực vận tải của hơn 7.000km đường thủy nội địa và gần 300 cảng; đáp ứng nguồn nước phục vụ các hoạt động văn hóa, du lịch, tôn giáo, nghiên cứu khoa học.

Mở rộng phạm vi phục vụ của các hệ thống thoát nước đô thị, thoát nước mưa tại các đô thị đạt trung bình trên 50%; tỷ lệ khu công nghiệp, khu chế xuất đang hoạt động có hệ thống xử lý nước thải tập trung đạt tiêu chuẩn môi trường là 92%; 50% tổng lượng nước thải tại các đô thị và các làng nghề được thu gom và xử lý đạt quy chuẩn kỹ thuật môi trường; 20 - 30% nước thải đô thị sau xử lý đạt tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật được tái sử dụng tưới cây, rửa đường đô thị và các nhu cầu khác.

Chủ động ứng phó trước tác động của lũ lụt, hạn hán, biến đổi khí hậu, tác động từ nước ngoài đối với nguồn nước liên quốc gia và các mối nguy hiểm khác liên quan đến nước; bảo vệ, phát triển rừng phòng hộ đầu nguồn và các loại rừng khác, thực hiện các chương trình phủ xanh đất trống, đồi, núi trọc, mở rộng thảm thực vật nhằm chống xói mòn đất, tăng cường khả năng giữ nước của đất, bảo vệ và phát triển nguồn sinh thủy. Nâng cao chất lượng rừng trồng, chú trọng phát triển trồng rừng gỗ lớn, đảm bảo giữ tỷ lệ che phủ rừng ổn định 42%.