Hiện nay, lưu vực sông Mekong đang ở thời kỳ cuối mùa khô năm 2020. Mực nước nhánh vào hồ Tonle Sap (Biển Hồ) tại Prek Kdam ngày 29/4 ở cao trình 1,10m, dung tích hồ còn khoảng 1,241 tỷ m3. Lưu vực Biển Hồ còn đóng góp lượng điều tiết hàng ngày không đáng kể xuống hạ lưu.

Năm 2019 khu vực thượng nguồn ở Trung Quốc cũng hạn nặng, thiếu hụt tổng lượng mưa so với trung bình nhiều năm lên tới 34%.

Các hồ thủy điện Trung Quốc tích nước đến cuối tháng 12/2019 và xả nước tiết kiệm, lượng xả từ đầu mùa khô phổ biến dao động trong khoảng 800-1.000m3/s. Vận hành gia tăng của các thủy điện Trung Quốc lên mức 2.300-2.700 m3/s như các năm trước là khó, mức độ gia tăng được xem là chỉ tương tự như ở năm 2016 cùng thời đoạn. Dự báo dòng chảy sông Mekong tăng nhẹ ở tháng 5, mặn sẽ giảm dần từ đầu tháng 5.

Trước tình hình đó, dự báo, vùng thượng ĐBSCL (bao gồm phần đất tỉnh An Giang, Đồng Tháp, thượng nguồn Long An, Kiên Giang và TP Cần Thơ), nguồn nước được cải thiện. Các địa phương cần tận dụng thời điểm bơm tát ở các vị trí xa kênh trục.

Vùng giữa ĐBSCL (bao gồm phần đất thuộc TP Cần Thơ, tỉnh Tiền Giang, Long An, Kiên Giang, Hậu Giang, Đồng Tháp, Vĩnh Long và vùng được kiểm soát mặn ở Bạc Liêu, Sóc Trăng, Trà Vinh, Bến Tre): Ngọt có khả năng xuất hiện ở các cửa sông khi chân triều thấp, sông Cổ Chiên 30-40km, sông Hậu 30-40km, sông Vàm Cỏ 90-110km, sông Cái Lớn 55-60km. Các sông Hàm Luông, cửa Đại và cửa Tiểu tận dụng thời điểm lấy nước vào kỳ triều thấp.

Do mặn duy trì cao đến đầu tháng 5, các địa phương vùng giữa ĐBSCL cần bảo vệ các nguồn nước hiện hữu (bổ sung đập tạm), kiểm tra thường xuyên nguồn nước, tích nước ngay khi có thể, có biện pháp giảm thiểu bốc thoát hơi nước cho cây trái (giữ ẩm gốc, tỉa bớt lá).