Theo thiết kế, dự án phải đấu nối đường thu gom nước thải từ 430 cơ quan, đơn vị, gần 1.500 cơ sở sản xuất, kinh doanh, dịch vụ và ít nhất 5.000 hộ gia đình thuộc 67 tuyến đường có cống thoát nước cấp 3. Tuy nhiên, do số lượng đấu nối tương đối lớn, việc triển khai vừa gấp rút vừa không có kinh phí hỗ trợ kịp thời nên đây là thách thức không nhỏ. Hầu hết hệ thống thoát nước, hầm tự hoại đều đặt phía sau nhà. Nếu đấu nối sẽ phải phá dỡ nền nhà với chi phí khá lớn nên nhiều hộ gia đình, cơ sở kinh doanh không hưởng ứng.

Tỉnh Khánh Hòa đã chủ trương tập trung triển khai đối với khối các cơ quan hành chính, đơn vị công an, quân đội, khách sạn, nhà hàng, hộ kinh doanh...vì đây là những đối tượng có khối lượng nước thải lớn và có nhu cầu đấu nối cao. Tuy nhiên, việc xây dựng hệ thống đấu nối từ mỗi đơn vị, cơ sở có mức chi phí từ 30 - 60 triệu đồng cũng khiến nhiều đơn vị có quy mô nhỏ, nguồn ngân sách hạn chế không thể cân đối kinh phí. Bên cạnh đó, việc tiến hành đấu nối phải tiến hành hợp đồng riêng rẽ với ba đơn vị: khảo sát - thiết kế, thi công và giám sát thi công, khiến thủ tục trở nên công kềnh và không đáp ứng đủ số lượng đơn vị thực hiện. Theo số liệu của Ban quản lý dự án, đến nay còn khoảng 370 đơn vị chưa tiến hành đăng ký đấu nối, chỉ có 3 đơn vị hoàn tất đấu nối theo quy định. 

Dự án cải thiện vệ sinh môi trường thành phố Nha Trang được triển khai từ năm 2007 và dự kiến kết thúc vào cuối năm 2014. Dự án có tổng mức đầu tư hơn 93 triệu USD từ nguồn vay từ Ngân hàng thế giới và vốn đối ứng của Việt Nam. Ngoài công trình nói trên, dự án còn có các hợp phần như: hệ thống cống thoát nước mưa, chống ngập úng và thu gom nước thải; xây dựng bãi chôn lấp rác Lương Hòa và đóng cửa bãi rác Rù Rì; Quỹ xoay vòng vốn cải tạo vệ sinh hộ gia đình và chương trình vệ sinh trường học...